L'abbaye Saint-Victor de Marseille est fondée au Ve siècle par Jean Cassien, à proximité des tombes de martyrs de Marseille, parmi lesquels saint Victor de Marseille, qui lui donne son nom. L'abbaye prend une importance considérable au tournant du premier millénaire par son rayonnement dans toute la Provence. L'un de ses abbés, Guillaume de Grimoard, est élu pape en 1362 sous le nom d'Urbain V.
Depuis plus de 1 500 ans, Saint-Victor est l'un des hauts lieux du catholicisme dans le sud de la France et bien que le monastère ait été démantelé à la Révolution, l'église reste toujours affectée au culte.
En 1968, le maire de Marseille Gaston Defferre fait replacer dans les cryptes de l'abbaye la riche collection de sarcophages de la fin du IVe siècle à la première moitié du Ve siècle que contenait l'église. Ce transfert fait de l'abbaye de Saint-Victor le musée d'art chrétien du premier millénaire le plus important en Provence après celui d'Arles.
L'abbaye fait l’objet d'un classement au titre des monuments historiques par la liste de 1840 et par la Liste de 1862. En 1934, l'abbatiale est élevée au rang de basilique mineure par le pape Pie XI.
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